A faixa litorânea onde se encontrava a vila de São Vicente era muito estreita pela presença da serra, não apresentava condições necessárias para o desenvolvimento de uma grande lavoura. Por sua vez, o planalto deparava com sérios problemas representados pela serra do mar, uma verdadeira muralha entre o planalto e o litoral, que vinha a isolar a região de Piratininga, negando-lhe o acesso ao mar. O chamado caminho do mar apresentava inumeráveis dificuldades para transpô-la. Mesmo assim, os campos do planalto de Piratininga, já habitados por alguns colonos, logo atraíram os povoadores e colonizadores, o que tornou o planalto de Piratininga (peixe seco) uma exceção no tipo de colonização dos portugueses dos primeiros tempos, que se fixavam sobretudo no litoral.
Colonizadores, entre eles João Ramalho, partiram da vila, percorrendo o vale do Cubatão ou o vale do Rio Mogí (nome mais antigo), chegaram num local que hoje se chama Vila de Paranapiacaba (de onde se avista o mar). Por lá, em local nunca encontrado, construíram um casario de taipa e pau-a-pique. Foi iniciada em 1550, quando o povoado começou a se organizar, encabeçada por João Ramalho fundaram no planalto uma povoação batizada com o nome de Santo André da Borda do Campo.
Em janeiro de 1553, logo depois do dia de reis, um grupo formado por treze padres, liderados por Manuel da Nóbrega sobe a serra do mar, em direção à Santo André da Borda do Campo, que não passava de um amontoado de casebres de taipa que servia como o feudo de João Ramalho. Após 18 dias de jornada na subida da serra, chegaram à Paranapiacaba, 800 metros acima. A vila de Santo André, era constantemente ameaçada pelos povos indígenas da região.
Leonardo Nunes, um dos treze jesuítas, ficou horrorizado com o que presenciava: a mancebia dos portugueses com as índias e o cativeiro dos índios e não excomungou João Ramalho que, desagradado, começou a luta de vida e morte.
Certa manhã, o padre, tendo ido rezar a missa na igrejinha do povoado, viu entre os presentes João Ramalho e mandou expulsá-lo da igreja. Foi a conta. Os filhos de João Ramalho (que não eram poucos) apareceram armados e dispostos a matar o jesuíta.
E foram entrando... Na frente, André, o mais velho. Depois, os outros: Vitório, Antonio, Marcos, João... Em casa, ficaram apenas as meninas: Joana, Margarida, e Antônia...
Quando Bartira soube de que planejavam os filhos, foi atrás, e fê-los desistir do seu intento. E só assim escapou com vida o padre Leonardo Nunes.
A oficialização e elevação a categoria de vila deu-se em 8 de abril de 1553, quando Tomé de Sousa resolve conceder foral (Carta soberana que, regulando a administração de uma localidade, lhe dava certas regalias) de vila a um arraial de João Ramalho na região piratiningana, ordenando que se elevasse em torno de uma ermida (pequena igreja em lugar ermo) consagrada a Santo André. Efetivou-se tal ato sendo Ramalho nomeado capitão-mor (autoridade militar) e alcaide-mor (governador) do seu novo arraial (pequena aldeia).
Em agosto de 1553, Manuel da Nóbrega escolheu o local onde queria que se erguesse o primeiro colégio da sua Companhia, fundado no interior das terras brasileiras. Estava instruído a construir um colégio para a catequese dos indígenas tupiniquins, carijós e da nação tamoios que viviam por lá. Esse local abrigaria os treze jesuítas e que serviria ao mesmo tempo como dormitório, enfermaria, salas de aula, refeitório e cozinha. Por algum tempo, serviu também como capela.
Em março de 1560, chegando o terceiro Governador-Geral, Mem de Sá, a São Vicente, expuseram-lhe os jesuítas a precariedade da posse do planalto. Assim, em junho ordenou que todos os civilizados se transferissem para junto do arraial jesuítico extinguindo-se vila de Santo André da Borda do Campo. Já nessa época, São Paulo de Piratininga progredia, absorvendo completamente a vila que ficara atrás.
Com os anos, tudo foi mudando. O belicoso João Ramalho já não era o mesmo das primitivas eras. Foi perdendo aquela arrogância. Os filhos, sim, os mamelucos da sua numerosa descendência, aqueles primeiros e desenvoltos paulistas, tornaram-se o terror das cercanias.
Como forma de atraí-lo, nomearam João Ramalho o capitão-mor de São Paulo.
Santo André da Borda do Campo nada tem a ver com a atual cidade de Santo André. As cidades ficavam cerca de 18 quilômetros uma da outra e na iminência de um confronto com os índios, nada justificava ter que manter duas frentes de combate. Além do mais, do ponto de vista da segurança, a localização topográfica de São Paulo era perfeita: situava-se numa colina alta e plana, cercada por dois rios, o Tamanduateí e o Anhangabaú.
